Das Kloster Kobayr befindet sich in der Region Lori, in der Umgebung des Dorfes Kobayr, westlich des Bahnhofs Kober, am linken Hang der Debed-Schlucht. Die Gebäude des Komplexes stehen auf unterschiedlich hohen, zwischen den Felsen entstandenen Terrassen. Erhalten sind hier Überreste von Kirchen, Kapellen, der Umfassungsmauer, eines Refektoriums sowie weltlicher Gebäude.
Das älteste datierte Bauwerk des Komplexes ist die Mariamashen-Kirche. Eine in den Sturz des westlichen Eingangs eingemeißelte Inschrift besagt, dass sie 1171 von Mariam, der Tochter von König Kyurike II., erbaut wurde. Die Kirche ist einschiffig und wurde von einem halbzylindrischen Gewölbe überspannt. Das Rundfenster über dem Eingang ist von dekorativen, geschnitzten Ringen umgeben, und darüber ist ein gleicharmiges Kreuz in einem Kreis eingraviert.
Im Jahr 1279 wurde innerhalb des Komplexes ein Glockenturm-Mausoleum mit offenem Bogen errichtet. Eine an seiner Südwand erhaltene georgische Inschrift erwähnt Shahnshahs Sohn und dessen Frau Vaneni. Während der Zakaryan-Zeit diente Kobayr auch als Begräbnisstätte für die Fürstenfamilie.
Am Eingang des Glockenturms ist eine dreistellige griechische Abkürzung eingemeißelt, die sich vom griechischen Wort für „Kirche“ ableitet.
Die Große Kirche wurde Ende des 12. Jahrhunderts auf der südöstlichen Plattform des Komplexes errichtet. Von dem Bauwerk sind ein wesentlicher Teil der Apsis, die Nord- und Westwände sowie die unteren Schichten der Südwand erhalten geblieben. Die Innenseiten der Basaltwände waren verputzt und bemalt. Fragmente der Wandmalereien sind heute in der Apsis und an der Nordwand der Plattform zu sehen.
Die Wandmalereien von Kobayr gehören zu den seltenen erhaltenen Beispielen der armenischen Monumentalmalerei des 13. Jahrhunderts. Die Kunsthistorikerin Irina Drampian erkannte in ihnen eine flächige Kompositionsstruktur, zurückhaltende Bewegungen der Figuren, ausgeprägte Konturen und einen östlich-christlichen Stil.
Nach den Forschungen von Tamara Dadayan stellt Kobayr den rituellen Typus des „Mystischen Abendmahls“ mit einer Kommunion-Szene dar. Die Komposition ist in zwei symmetrische Teile gegliedert, und Christus wird zweimal dargestellt, wie er den Aposteln auf beiden Seiten die Kommunion reicht.
In Kobayr vereinen sich Architektur, armenische und georgische Inschriften sowie Wandmalerei an einem einzigen Ort und spiegeln die politischen, religiösen und künstlerischen Wechselwirkungen im Lori des 12. und 13. Jahrhunderts wider.
